Nei soggetti allergici, il sistema immunitario considera gli allergeni (che di per sé sarebbero assolutamente innocui) come sostanze pericolose, e quando ne viene a contatto innesca una risposta infiammatoria, con lo scopo di difendere l’organismo.
Si tratta quindi di una risposta “inappropriata” da parte del sistema immunitario, che ha come conseguenza un processo infiammatorio a carico dell’organo bersaglio, che nella maggior parte dei casi è l’organo dove ha avuto luogo l’incontro tra l’allergene e le cellule del sistema immunitario. Questo può essere rappresentato dal naso, i bronchi, il cavo orale, l’intestino, la cute, ecc.
Le cause precise di questa reazione eccessiva ed inappropriata del sistema immunitario non sono note, ma sono disponibili alcuni dati empirici e alcune indicazioni.
- Predisposizione genetica: se uno o entrambi i genitori soffrono di allergie e/o malattie atopiche, più facilmente anche i figli possono sviluppare allergie nel corso della loro vita
- Ambiente igienicamente troppo curato: secondo la cosiddetta “ipotesi igienica”, in ambienti di questo tipo il sistema immunitario non è sufficientemente sottoposto all'esposizione microbica che normalmente si trova nell’ambiente, e ciò può facilitare uno squilibrio del sistema immunitario verso quelle componenti che scatenano le reazioni allergiche
- Fumo di sigaretta: aumenta il rischio di allergie e soprattutto di asma
- Allattamento al seno: anche se i dati sono contrastanti, l’allattamento al seno sembra conferire un effetto protettivo verso lo sviluppo di allergie

In ogni caso, l’allergia è determinata dall’interazione tra due componenti fondamentali: predisposizione genetica ed esposizione a fattori ambientali. Tra questi, sono ovviamente di fondamentale importanza gli allergeni.

Le malattie allergiche si manifestano in diverse forme a seconda dell'età del soggetto colpito. Fra i lattanti sono più diffuse le dermatiti (dermatite atopica) e le allergie alimentari, mentre in età prescolare e scolare è più facile riscontrare la rinite allergica (causata spesso dai pollini) o l'asma allergico (causato spesso dagli acari), spesso concomitanti.
Con il tempo l'allergia può aggravarsi. Questo tipico decorso viene definito progressione o "marcia allergica". Purtroppo oggi non è possibile riconoscere una malattia allergica prima che si manifestino i sintomi, ma con trattamenti corretti si può ridurre il rischio che la malattia evolva verso forme più gravi.